La micología en Colombia lleva más de dos siglos de desarrollo. Los primeros registros científicos sobre hongos en el territorio colombiano datan del siglo XVIII: durante la Real Expedición Botánica del Nuevo Reino de Granada se ilustraron ocho especies de ascomicetos y seis de basidiomicetos. Luego en el siglo XIX, Caldas presenta en 1803 el primer reporte conocido sobre un hongo fitopatógeno, cuya descripción coincide con la roya del trigo. En este siglo cabe mencionar también la expedición del botánico italiano Carlo G. L. Bertero a las Antillas y la costa Caribe de Colombia (1816-1821), en la que él recolectó numerosas de plantas y hongos, y la contribución de Hooker (1822), que abarca el estudio y descripción de numerosas especies fúngicas colectadas por Humboldt y Bonpland en el territorio colombiano. El segundo gran aporte fue el de Léveillé (1863-1867), que publicó 63 especies fúngicas en el Prodromus Florae Novo-Granatensis. Ya en el siglo XX, Fuhrmann y Mayor hicieron grandes aportes al conocimiento de diversos grupos de hongos, principalmente patógenos. Posteriormente, Chardon y Toro en 1930 registraron cerca de 610 especies de hongos, principalmente fitopatógenos, además de especies de macrohongos.

Los viajes de K. P. Dumont en el territorio Colombiano (1968) evidenciaron la riqueza fúngica por descubrir y llevaron a que a partir de 1974 se desarrollara el proyecto Flora Micológica Colombiana entre el Jardín Botánico de Nueva York y el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia, en el que se hicieron más de 4000 colecciones. Más recientemente, los estudios sobre macrohongos no liquenizados los han llevado a cabo micólogos colombianos y se han registrado aproximadamente 1250 especies, principalmente de las zonas andinas que han sido las más estudiadas.

En el campo de la liquenología se destacan las contribuciones de Sipman y Aguirre entre 1980 y la primera década del presente siglo, que incluyen la clave para los géneros de líquenes foliosos y fruticosos de los páramos colombianos. A finales de los años setenta inician los estudios de las micorrizas arbusculares en Colombia en el Centro Internacional de Agricultura Tropical (CIAT) con Howeler y Spain. Por otro lado, Sieverding durante el periodo de 1980 a 1986 recolectó casi 1 200 ecotipos en un proyecto financiado por la Agencia Alemana de Cooperación Técnica (GTZ). Cesar Cano Saavedra, especialista en manejo de cepas de hongos micorrízicos arbusculares, fue el responsable de la “Colección Micorriza” del CIAT durante los años 1990-1994, la cual llegó a ser la colección más importante de Iberoamérica.

Los desarrollos tecnológicos han permitido el crecimiento de la micología en Colombia, atrayendo a nuevos científicos, y a la consolidación de una base para el análisis estudio y uso de la Funga nacional. Es así como en el año 2019 se consolida la Asociación Colombiana de Micología, ASCOLMI, con el objetivo de agrupar a personas naturales y organizaciones cuyas actividades científicas, técnicas y educativas se encuentren relacionadas con la micología los hongos y con el fin de promover el desarrollo de la misma micología en el país.